棲霞寺位于棲霞山主峰鳳翔峰西麓，坐東朝西，南有龍山，北有虎山，遠(yuǎn)離市區(qū)，環(huán)境幽靜，且交通便利，香客游人絡(luò)繹不絕?！稐妓滦拊煊洝分^：“金陵名藍(lán)三，牛首以山名，弘濟(jì)以水名，兼山水之勝者，莫如棲霞，古高人勝流，率棲跡于此。”

南朝劉宋泰始年間（465～471），山東鬲縣（今山東平原縣）居士明僧紹（自號(hào)“棲霞”）在攝山結(jié)廬而居，“抗跡人外”，“不事人事”20余年。

劉宋末年（479），“備綜眾經(jīng)，而專以苦節(jié)成名”的法度禪師來到建康（今南京），在攝山講授《無量壽經(jīng)》，明僧紹與法度禪師相友善，有師友之誼。在法度禪師影響下，明僧紹舍宅禮佛，名為“棲霞精舍”(即棲霞寺)，請(qǐng)法度禪師主持。

自唐至明初，約700年間，寺名先后更換8次，朱潔軒《棲霞山志》云：“寺額名稱，往往隨帝王私意而更變之?！?/p>

唐代，高祖武德年間(618～626)，下詔棲霞寺改名為功德寺，增建殿宇49處；高宗上元年間（674～676），敕改功德寺為隱君棲霞寺；武宗會(huì)昌五年（845），排斥佛教，寺被廢；宣宗大中五年（851）重建棲霞寺。南唐時(shí)(937～975)，高越奉詔主持重修棲霞寺，改稱妙因寺。

北宋太宗太平興五國年（980），下詔更名普云寺；真宗景德年間(1004～1007)，又詔令更名棲霞禪寺；哲宗八年（1093），皇太后聽政，下詔改稱嚴(yán)因崇報(bào)禪院，直至元符元年(1098)，哲宗親政，又下詔改名景德棲霞寺、虎穴寺（因棲霞山又名虎穴山）。

南宋高宗建炎四年(1130)，金兵占建康，全寺毀于戰(zhàn)火。至明太祖洪武二十五年（1392），得以重建并恢復(fù)棲霞寺名稱，沿用至今。

南朝時(shí)期，王公貴族大多崇神佞佛，對(duì)棲霞寺大加營構(gòu)，并開鑿了千佛石窟，棲霞寺成為“南朝四百八十寺”中著名寺廟。

梁元帝蕭繹為湘東王時(shí)，撰《攝山棲霞寺碑銘》，將棲霞寺描摹得仿佛化外仙境。梁時(shí)，僧朗及其弟子弘揚(yáng)“三論”，棲霞寺因而被視為“三論宗”祖庭。陳時(shí)，后主與寵臣江總游歷棲霞山，江總更是鐘情棲霞寺。

隋文帝立詔建塔置舍利，詔曰：“分道送舍利，先往蔣州（今南京）棲霞寺，洎三十州次五十三州等寺起塔”，棲霞寺列為榜首，足見其聲望之隆。唐初，擴(kuò)建棲霞寺，增加殿宇，“樓閣延袤，宮室壯麗”，與長安慈恩寺、薦福寺同為天下名剎，又與山東臨清靈巖寺、湖北江陵玉泉寺、浙江天臺(tái)國清寺，并稱四大叢林。

明代，棲霞寺為靈谷寺統(tǒng)轄下的次大剎，有山門一座，天王殿等七殿堂共36楹，僧院31房，僧眾百余，寺基7.99萬平方米(120畝)。據(jù)葛寅亮《金陵梵剎志》載：“東至葛家巷，南至金石岡，西至本寺官街，北至攝山官路”，規(guī)模甚為龐大。

明洪武二十五年（1392），朱元璋詔賜贍僧田山86.6萬平方米(1300畝)，統(tǒng)轄小剎衡陽寺。明成化、嘉靖年間（1465～1566），棲霞寺荒敗凄涼，香火幾至斷絕。

明萬歷二十八年至三十四年（1600～1606），住持明通對(duì)棲霞寺進(jìn)行歷時(shí)七年的大規(guī)模修復(fù)，山門、天王殿、大雄寶殿、祖師殿、伽藍(lán)殿、藏經(jīng)樓、韋馱殿、接引殿、三圣殿、地藏殿、鹿野堂、碧霞元君殿等建筑鱗次櫛比，金碧輝煌，明朝葛寅亮《金陵梵剎志》有詳細(xì)記載。

當(dāng)時(shí)進(jìn)入山門，天王殿列四天王；再進(jìn)為大雄殿，正面為釋迦三身像，其背后為觀音三身像，兩側(cè)回廊為16尊佛像，皆莊嚴(yán)壯麗。寺廟庭院中兩株高大古老的銀杏樹，濃蔭蔽日。寺內(nèi)還有居士吳彬繪的五百阿羅漢畫像。當(dāng)時(shí)著名文士焦竑、董其昌、顧起元對(duì)畫像均有極高評(píng)價(jià)。

清順治五年（1648），對(duì)棲霞寺進(jìn)行修葺，高宗南巡，建棲霞行宮，棲霞寺因帝王駕臨而增輝添色。咸豐年間，寺院遭戰(zhàn)火毀壞。民國初，宗仰、若舜相繼修繕廟宇，使棲霞寺重現(xiàn)生機(jī)。

棲霞寺歷經(jīng)千年風(fēng)雨滄桑，屢毀屢建。除受歷代君主興法、滅佛的影響外，還由于棲霞寺所在棲霞山臨江屏立，地勢奇險(xiǎn)，成為金陵防衛(wèi)要沖，歷來為兵家必爭之地，自建寺以來，屢遭兵燹。

梁南朝太平元年(556)，陳齊之戰(zhàn)，寺宇小受損傷。南宋建炎四年（1130），完顏南侵，與宋軍大戰(zhàn)于棲霞山，是役，棲霞寺全部毀廢。清咸豐五年(1855)，清軍與太平軍大戰(zhàn)于棲霞山，得失數(shù)次，形同拉鋸，是役，棲霞寺再次毀廢。民國16年（1927）8月，國民革命軍與孫傳芳軍血戰(zhàn)于龍?zhí)?、棲霞山一帶，寺又遭兵火損壞。

1966年，“文革”開始，棲霞寺經(jīng)書法器亦多遭破壞，寺內(nèi)佛像無一幸免，寺僧散于四方，所幸后有解放軍進(jìn)駐，寺內(nèi)建筑方得以保存。

70年代末，市、區(qū)人民***屢撥巨款對(duì)棲霞寺重新進(jìn)行修繕。寺前有仿古牌坊、千禧鐘樓、白蓮池和千佛齋素菜館，山門右側(cè)有明征君碑亭，左側(cè)有趙樸初先生重修棲霞寺記碑亭；寺內(nèi)有彌勒殿、毗盧寶殿、藏經(jīng)樓、玉佛樓、鑒真紀(jì)念堂、宗仰上人紀(jì)念堂、多寶閣、中國佛學(xué)院棲霞山分院；寺后有舍利塔、千佛崖等。

如今棲霞寺建筑皆依山勢，層壘而上，殿宇樓閣極其宏偉，殿西攝翠樓，遙對(duì)棲霞山東峰，憑欄遠(yuǎn)眺，風(fēng)景如畫。